차세대 시퀀싱

차세대 시퀀싱을 위한 적은 체적 디스펜싱 및 라이브러리 준비 초소형화

소개

차세대 시퀀싱(NGS)은 미생물 게놈과 전사체를 포함한 다양한 샘플과 호환되는 고처리량 시퀀싱 방법입니다. 시퀀싱 전에 게놈은 더 작은 크기로 단편화되며 시퀀싱 중의 흐름 세포 부착을 위해 어댑터가 도입됩니다. 해당 어댑터는 다중화를 위해 바코드 또는 인덱스를 포함할 수 있습니다. 그러므로 샘플의 NGS 라이브러리 준비는 시퀀싱 전의 중요한 최종 단계입니다.

NGS 라이브러리 준비는 전체 워크플로 비용 중 상당한 부분을 차지하며, 라이브러리 준비의 초소형화를 통해 전체 비용을 줄이면서도 고품질의 샘플을 생성할 수 있습니다. 또한 많은 라이브러리를 동시에 시퀀싱하는 경우 비용이 더 중요해집니다.  I.DOT는 여러 종류의 NGS 라이브러리 프로토콜을 수행하는 유연성을 유지하면서도 쉬운 반응 초소형화를 제공합니다.

정규화

인덱싱

정화

시퀀싱

적은 체적 비접촉 디스펜싱을 위한 즉시 드롭 온 디맨드(I-DOT) 기술

 I.DOT는 비접촉 액체 취급 작업을 최적화하기 위한 특허받은 접근법입니다. 이 시스템은 개별적으로 제어되는 양성 압력 채널 8 개를 사용하여 각 웰의 바닥에 있는 작은 출구에서 8 ~ 50 나노리터의 방울을 생성합니다. 각 채널은 방울을 초당 최대 100 개까지 생성할 수 있어 8 나노리터에서 80 마이크로리터 범위의 체적을 사용할 수 있습니다. 비접촉 디스펜싱은 NGS 라이브러리 준비 중에 필요한 피펫 팁 수를 크게 줄이며 적은 체적 디스펜싱(불용 체적 1 µL 미만)은 대폭적인 시약 비용 절약을 제공합니다.

정확한 디스펜싱 및 내장된 방울 검증

 I.DOT는 복수 액체 클래스를 지원하며 PCR 완충제, DMSO 및 최대 50%의 글리세롤을 포함한 다양한 용액을 디스펜싱할 수 있어 상용 시약 및 사내 생성 시약과 모두 호환됩니다. 정확한 디스펜싱은 최소의 샘플 간 변화를 나타내는 고품질 데이터를 생산하기 위해 필수입니다. 내장된 방울 검증을 통해 단일 디스펜싱 회차 중에 방출된 모든 방울을 감지하고 계수합니다. I.DOT는 내장된 방울 품질 관리를 제공하는 유일한 액체 디스펜서입니다.

NGS 라이브러리의 정량화 및 정규화

일반적으로 모든 샘플에 대해 균일하게 판독하는 분포를 보장하려면 입력 DNA를 NGS 라이브러리 준비 전에 정규화해야 합니다.  I.DOT를 사용하면 수백 가지 라이브러리를 수 분 이내에 정량화 및 정규화할 수 있어 최대 96 가지 시약을 병렬로 고도로 다중화하여 디스펜싱할 수 있습니다. 추가 비용 절감을 위해 염료 기반 정규화 분석을 위한 시약 체적을 크게 축소할 수 있습니다.

바코드 작성을 위한 빠르고 단순화된 DNA 인덱싱

단일 I-DOT 소스 웰 평판은 최대 96 가지 바코드 프라이머를 포함할 수 있으며, 이는 NGS 샘플의 고처리량 인덱싱 또는 바코드 작성을 위해 강력한 기능입니다. 96 웰 소스 평판 1 개로 샘플 2,000 개의 바코드를 고유하게 작성할 수 있으므로 I-DOT는 고처리량 처리와 즉시 호환됩니다. I-DOT의 직관적인 소프트웨어를 사용하여 복잡한 바코드 작성 프로토콜을 쉽게 생성할 수 있습니다. 비접촉 적은 체적 기술을 사용하면 교차 감염의 위험을 제거하면서 수천 개의 피펫 팁을 절약할 수 있습니다.

CUTseq is a versatile method for preparing multiplexed DNA sequencing libraries from low-input samples

Author(s): Xiaolu Zhang, Silvano Garnerone, Michele Simonetti, Luuk Harbers, Marcin Nicoś, Reza Mirzazadeh, Tiziana Venesio, Anna Sapino, Johan Hartman, Caterina Marchiò, Magda Bienko & Nicola Crosetto

Karolinska Institutet

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