シングルセルオミクス

プレートベースのシングルセルオミクスワークフロー用のスケーラブルなプラットフォーム

新たな方法

最近のシングルセル解析のための装置、生化学、計算ツールの進歩により、がん研究や免疫学など幅広い生物学分野において、シングルセル解析が急速に採用されています。シングルセルRNAシーケンスは、現在まで最も広く使用されている手法ですが、シングルセルプロテオミクスやシングルセルマルチオミクスのためのいくつかの有望な方法が登場しています。

プレートベースのシングルセル解析ワークフロー用の自動プラットフォーム

ハイスループットシングルセル解析をルーチンで行うには、堅牢な装置が必要です。同時に、この非常にダイナミックな分野では、広範なアッセイに対応できる柔軟なプラットフォームの使用が求められます。したがって、シングルセルRNA-seq、シングルセルゲノムシーケンス、シングルセルプロテオミクス、シングルセルマルチオミクス用の最新アッセイを含む、プレートベースのシングルセル解析ワークフロー用のオープンで堅牢な自動化プラットフォームを提供します。

画像ベースの細胞単離

当社のシングルセル分注技術は、画像ベースの標識を使用しない細胞の単離が可能です。さらに、細胞は蛍光マーカーに基づいてソートでき、死細胞を除外したり、亜集団を標的にすることができます。細胞の単離プロセスは一連の画像で文書化されます。これらの画像は、シングルセルが実際に単離された証拠を提供しますが、これだけでなく、大きさ、真円度、蛍光強度など細胞の形態も記録します。これらのパラメータは、ライブラリサイズまたはシーケンスデータにリンクできます。

サブマイクロリットル液量での細胞溶解

正確なシングルセル解析と次世代シーケンス(NGS)ライブラリ調製の前提条件は、大量サンプルからの効率的な細胞の単離と、PCRプレートへの正確な沈着です。当社のシングルセル分注装置には、細胞が各ウェルの中央に確実に沈着させるための自動オフセット補正(AOC)モジュールが装備でき、サブマイクロリットル容量(例:350 nL)で細胞溶解を可能にします。

アッセイの小型化

I-DOT非接触液体ハンドラーを利用して、アッセイの小型化とコスト削減

自動化されたリキッドハンドリングは、手作業の時間と操作者による変動を減らし、ルーチンのシングルセルライブラリ調製で重要な役割を果たしています。非接触リキッドハンドリング装置を使用すると、クロスコンタミネーションのリスクを減らし、数千のピペットチップを節約できます。高価な試薬や解析するシングルセルの数が増えているため、サブマイクロリットルの試薬分注がより多くの研究室で採用されています。I-DOT微量分注技術を使用して、標準反応量の1/10でsmart-seq2やNGSライブラリ調製を行う方法の詳細をご覧ください。

NGSライブラリの定量化と正規化

通常、シングルセルからのcDNA増幅は不均一な濃度となり、すべての細胞からの読み取り分布を均一にするために正規化が必要になることがあります。I-DOTを使用すると、数百のライブラリを数分で定量および正規化できます。これにより、高度なマルチプレックス化された分注(最大で96種類の試薬を並列で分注)が可能になります。

ライブラリのインデックス配列付加および早期のバーコード配列付加

ユニークなDNAバーコードを使用してNGSライブラリにインデックス配列を付加する能力は、ハイスループットなシングルセルシーケンスの基礎となります。シングルセル完全長転写物シーケンスまたは全エクソームシーケンスでは、個々のライブラリは増幅および断片化後にインデックス配列が付加されます。CEL-Seq2などのその他のRNA-seqプロトコルは、シングルセルの早期のバーコード付加とプーリングを使用しており、逆転写の前に数百のバーコードプライマーを付加する必要があります。適切な逆マルチプレックス化が不可能になるため、バーコードプライマー間のクロスコンタミネーションを防ぐ必要があります。

比類なき速度で複雑な作業を実行

I-DOT非接触微量分注技術は、非常に複雑なリキッドハンドリング作業でも比類のない速度で実行するために開発されました。1枚のI-DOTソースプレートで最大2304ライブラリにユニークなバーコード配列付加ができます。96種類のユニークなバーコードの分注が60秒以内に終わります。

完全長トランスクリプトームシーケンス

現在、smart-seq2およびその変形は、シングルセルRNAシーケンスで最も高感度で人気のあるプロトコルです。その他の方法とは異なり、smart-seq2はプレートベースのアッセイであり、完全長転写カバレッジを提供し、アイソフォーム、選択的スプライシング現象、突然変異へのアクセスを提供します。

シングルセルRNA-seqから、シングルセルプロテオミクスとマルチオミクスまで

プレートベースのシングルセルワークフロー用の当社プラットフォームは、オープンで、汎用性があり、すべての一般的なシングルセル解析ワークフローに対応しています。経験豊富な応用科学者のチームが、ハイスループットなシングルセルRNA-seqプロトコルや、新しいシングルセルプロテオミクスとマルチオミクスアッセイの設定や最適化をサポートいたします。

関連するアプリケーションノート

小型化および自動化された完全長シングルセルRNA-seqワークフロー

ワークフローの特徴

サンプル調製

シングルセル単離

ライブラリ調製

シーケンスと解析

ワークフロー全体の効率を向上

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F.SIGHT™

細菌、酵母、その他小さな菌類のハイスループットなシングルセル単離を可能にして、時間とリソースを節約します。

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B.SIGHT™

96ウェルまたは384ウェルプレートで原核細胞を単離します。20倍の拡大率で明視野ノズル撮像。培養、ゲノミクス、質量解析用に単一の細菌をソート。

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I-DOT

非接触リキッドハンドリング作業のための最高のソリューションです。ワークフローを最適化し、直感的な自動化、精度、速度を実現します。