次世代シーケンス

次世代シーケンスのためのライブラリ調製の微量分注と小型化

紹介

次世代シーケンス(NGS)は、微生物ゲノムやトランスクリプトームなどさまざまなサンプルに対応したハイスループットシーケンス法です。シーケンス前に、ゲノムは小さなサイズに断片化され、シーケンス時にフローセルと結合するためのアダプターが導入されます。これらのアダプターには、マルチプレックス用のバーコードやインデックス配列を含めることができます。したがって、サンプルのNGSライブラリ調製は、シーケンス前の重要な最終ステップです。

ワークフロー全体に占めるNGSライブラリ調製のコストはかなり大きいため、ライブラリ調製を小型化することで、全体的なコストを削減しながら高品質のサンプルを生成できます。多くのライブラリを同時にシーケンスする際には、コストも重要になります。I.DOTはさまざまなタイプのNGSライブラリプロトコルを実行する柔軟性を保ちながら、簡単な反応の小型化を実現します。

正規化

インデックス配列付加

精製

シーケンス

微量、非接触分注のための即時オンデマンド滴下技術(I-DOT)

I.DOTは、非接触でリキッドハンドリング作業を最適化するための特許取得済みの手法です。このシステムは8つの個別に制御された陽圧チャネルを使用して、各ウェルの底にある小さな出口から8~50ナノリットルの液滴を生成します。各チャネルは最大100個/秒の液滴を生成できるため、8 nL~80 μLの容量範囲が可能です。非接触分注は、NGSライブラリ調製に必要なピペットチップの数を減らし、微量分注(1 µL未満のデッドボリューム)により、試薬コストの大幅な節約を実現します。

正確な分注と内蔵された液滴の検証

I.DOTは複数の液体クラスをサポートし、PCRバッファー、DMSO、最大50%のグリセロールなど、さまざまな溶液を分注できるため、市販の試薬および研究室で作成した試薬の両方に対応します。サンプル間の技術的な変動を最小限に抑えた、高品質のデータを生成するには、正確な分注が重要です。内蔵された液滴の検証は、1回の分注実行中に放出されたすべての液滴を検出し、カウントします。I.DOTは液滴品質管理が内蔵されている唯一の液体分注器です。

NGSライブラリの定量化と正規化

通常、NGSライブラリ調製の前に、入力DNAを正規化し、すべてのサンプルの読み取り分布が均一になるようにする必要があります。I.DOTを使用すると、数百のライブラリを数分で定量および正規化できます。これにより、高度なマルチプレックス化された分注(最大で96種類の試薬を並列で分注)が可能になります。色素ベースの正規化アッセイの試薬量は、桁違いにスケールダウンして、さらにコストを節約できます。

高速で簡素化されたDNAのインデックス配列(またはバーコード配列)付加

1つのI-DOTソースウェルプレートには、最大で96種類のバーコードプライマーを含めることができます。NGSサンプルのハイスループットでのインデックス配列(またはバーコード配列)付加のための強力な機能です。1つの96ウェルソースプレートを使って、2000以上のサンプルにユニークなバーコード配列を付加できるため、I-DOTはハイスループット処理に容易に対応できます。I-DOTの直感的なソフトウェアを使用して、複雑なバーコード配列付加プロトコルを簡単に生成できます。非接触の微量テクノロジーを使用して、クロスコンタミネーションのリスクを排除しながら、数千のピペットチップを節約できます。

小型化および自動化された完全長シングルセルRNA-seqワークフロー

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CUTseq is a versatile method for preparing multiplexed DNA sequencing libraries from low-input samples

著者:Xiaolu Zhang, Silvano Garnerone, Michele Simonetti, Luuk Harbers, Marcin Nicoś, Reza Mirzazadeh, Tiziana Venesio, Anna Sapino, Johan Hartman, Caterina Marchiò, Magda Bienko & Nicola Crosetto

カロリンスカ研究所

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