下一代测序

通过低容量点样和微型化文库制备实现下一代测序

简介

下一代测序 (NGS) 是一种高通量的测序方法,适用于各种样品,包括微生物基因组和转录组。在测序之前,首先将基因组片段化成较小的片段,然后引入适配器,用以在测序过程中连接流动细胞。这些适配器可以包含用于多指标反应的条形码或索引。因此,样品的 NGS 文库制备是测序之前重要的最后一步。

由于 NGS 文库制备在整个工作流程成本中占有很大比重,因此通过文库制备的微型化,可在生成高质量样品的同时,降低总体成本。在同时对多个文库进行测序时,成本会变得更关键。I.DOT 可以轻松实现反应微型化,同时确保执行各类 NGS 文库方案的灵活性。

归一化

索引

纯化

测序

用于低容量非接触式点样的 I.DOT 技术

I.DOT 是一种已获专利的方法,有助于优化非接触式液体处理任务。该系统使用 8 个独立控制的正压通道,能够从每个孔底部的小型出口生成 8 至 50 nL 的液滴。每个通道每秒最多可生成 100 个液滴,因此系统的容量范围是 8 纳升到 80 微升。非接触式点样可以大幅减少 NGS 文库制备过程中所需的移液器吸头数量,并且低容量点样(死体积 < 1 µL)可节省大量的试剂成本。

准确点样和内置液滴验证

I.DOT 可处理多种液体,用于各种溶液的点样,包括 PCR 缓冲液、DMSO 和甘油(浓度最高为 50%)等等,市售试剂和企业内部试剂均适用。准确点样对于生产高质量的数据至关重要,而唯有高质量的数据,才能确保样品之间的最小技术变异度。内置的液滴验证功能可以检测每次点样过程中释放的每个液滴并对液滴进行计数。e I.DOT 是市场上唯一一款带有内置液滴质量控制功能的点样机。

NGS 文库的定量和标准化

通常,在制备 NGS 文库之前,需要对 DNA 进行标准化处理,确保所有样品的读取分布均匀。使用 I.DOT 可在数分钟内对数百个文库进行定量和标准化,最多可实现 96 种试剂的多指标反应平行点样。可以将基于染料的标准化分析所用的试剂量按比例缩小多个数量级,进一步节省成本。

快速、经简化的 DNA 索引或条形码

单个 I.DOT 源孔板最多可包含 96 种不同的条形码引物,该功能非常强大,可实现 NGS 样品的高通量索引或条形码编码。仅需一个 96 孔源板,便可对 2000 多个样品进行唯一条形码处理,因此 I.DOT 可以轻松用于高通量处理。借助 I.DOT 的直观软件,可以轻松生成复杂的条形码编码方案。借助非接触式低容量技术,可以节省数千个移液器吸头,同时消除交叉污染的风险。

全长单细胞 RNA 测序工作流程的微型化和自动化

CUTseq is a versatile method for preparing multiplexed DNA sequencing libraries from low-input samples

作者:Xiaolu Zhang, Silvano Garnerone, Michele Simonetti, Luuk Harbers, Marcin Nicoś, Reza Mirzazadeh, Tiziana Venesio, Anna Sapino, Johan Hartman, Caterina Marchiò, Magda Bienko & Nicola Crosetto

卡罗林斯卡医学院

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